O principal desafio para diagnosticar a amigdalite é distinguir a faringite / amigdalite viral e estreptocócica. Tendo por base a avaliação clínica, esta distinção é frequentemente imprecisa, quer pelo facto de os portadores de infeção estreptocócica nem sempre apresentarem o quadro clássico, quer, e sobretudo, pelo facto de este quadro poder ser mimetizado por outros agentes. De todo o modo, em crianças com faringite/amigdalite, de idade superior a 3 anos, a presença de febre e de odinofagia intensa, na ausência de rinite, tosse, conjuntivite ou diarreia, é fortemente sugestiva de etiologia estreptocócica. Esta probabilidade aumenta em caso de surto ou no caso de haver outros membros da família com faringite estreptocócica confirmada bateriologicamente. Os exames bacteriológicos (cultura ou método de detecção rápida) devem ser utilizados quando houver sinais discordantes da etiologia estreptocócica, se a criança tiver amigdalites de repetição ou se os seus contactos tiverem antecedentes de febre reumática, glomerulonefrite aguda pós-estreptocócica ou síndrome de choque tóxico estreptocócico. O exame cultural do exsudado faringoamigdalino é o método de diagnóstico de referência. O resultado é obtido, em média, em dois dias. Os métodos de detecção rápida de antigénio do Streptococcus β-hemolítico do grupo A têm uma boa especificidade (cerca de 90%) e razoável sensibilidade. Ou seja, quando o resultado é positivo, a situação pode tratar-se como amigdalite estreptocócica, dispensando-se o exame cultural; quando negativo, deve aguardar-se o resultado da cultura para a decisão de ter de recorrer a antibioticoterapia.
