O histórico familiar e o perfil clínico do caso típico propicia o diagnóstico com facilidade, inclusive pelos pais e parentes. Porém, nem sempre o quadro clínico, base para o diagnóstico da amigdalite crônica, é tão característico. A hipertrofia tonsilar é, muitas vezes, questionável ao exame físico, tanto por variação individual e da idade, quanto pela posição na loja tonsilar. Mesmo quando presente, a hipertrofia crônica também não é patognomônica de infecção, pode ser decorrente de alergia. São reconhecidas infecções crônicas em amigdalites de pequena dimensão, inclusive ocultas atrás dos pilares. Também, os episódios infecciosos recorrentes, outra característica da infecção crônica, podem confundir-se com as rinofaringites virais repetidas, adquiridas em ambientes insalubres, escolas e creches. A obstrução da via aérea alta é muito pouco específica, e pode ocorrer por alergia, alteração anatômica, ou infecção crônica no nariz e cavidades paranasais. A concomitância destes quadros é bastante freqüente, dificultando a avaliação da obstrução determinada pela adenóide. Também, a repercussão sistêmica decorrente da amigdalite crônica é, clinicamente, muito pouco específica - pouca disposição, mau resultado escolar, enurese e menor crescimento. Estas alterações podem ser meras características pessoais ou decorrer de causas psíquicas, familiares e conjunturais. Muitas vezes, a ação deletéria sistêmica da amigdalite crônica é observada apenas com a evolução pós-cirúrgica do caso. A melhora do apetite, da disposição, da tonalidade de pele, do humor e do rendimento escolar é acentuada, constituindo uma contra-prova da resolução de um problema crônico, como é reconhecido frequentemente pelas famílias de crianças operadas.
